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Das Kloster hoch oben im Ort lag ursprünglich an der Donau und wurde um 1140 in die Burg verlegt. Die Klosterkirche St. Peter und Paul ist in ihrem Kern noch der 1146 errichtete, romanische Bau. 1774 wurde der Mönchschor in Spätrokoko und acht Jahre später das Langhaus in klassizistischem Stil ausgestattet.Im Oktober 1805 zwang Napoleon die 15.000 Mann starke österreichische Armee zur Schlacht von Elchingen. Diese hatten den Klosterberg besetzt. Angeführt von Marschall Ney brach die französische Angriffsspitze in ihren weiß-blauen Uniformen aus den Donauauen hervor und jagte die Österreicher im Feuerhagel den Klosterberg hoch. Die Artillerie schoss eine Bresche in die Klostermauer. Diese ist zwar heute zugemauert, aber immer noch erkennbar.
Als nach dem Sieg Napoleon Bonaparte mit seinem Stab das Gotteshaus besichtigte, war er von dem ganz in Weiß und Gold gehaltenen frühklassizistischen Schmuck überwältigt und rief aus: "Wie schön doch diese Kirche ist! Sie ist wahrhaftig der Empfangsraum des lieben Gottes!"
